Ementa:
Apresentação do problema molecular. Aproximação de Born Oppenheimer. Cálculos de química quântica (hartree-fock e DFT). Fundamentos de dinâmica molecular (DM). Equações de Newton. Campos de força. Integração numérica. Condições periódicas de contorno. Simulações de DM em líquidos e sistemas simples. Cálculo de propriedades de interesse: Funcao de distribuição radial.Interações de ponte de hidrogênio. Simulações de DM em sistemas complexos: peptídeos como agentes bioativos. Simulacoes mixtas QM-MM: Proteínas e sitios ativos. Cálculo de propriedades. RMSD (radial mean squared displacement). RMSF (root mean square fluctuation). Simulações de DM em sistemas complexos: membranas biológicas. Propriedades: perfil de densidade eletrônica. Parâmetro de ordem. Interação de Fármacos com membranas. Proteínas de membrana. Simulações aplicadas a Sistemas de Drug delivery: lipossomas, ciclodextrinas, micelas poliméricas, polimerosomas, dendrimeros.
Bibliografia:
- Modern Quantum Chemistry: Introduction to Advanced Electronic Structure Theory. McGraw-Hill Publishing Company, New York, 1989 edition. A. Szabo y N. S. Ostlund,
- Biomolecular Simulations: Methods and Protocols - Springer Science+Business Media New York Springer 2013. Luca Monticelli, Emppu Salonen.
- Translational Biomedical Informatics: A Precision Medicine Perspective Springer Science+Business Media Singapore 2016 Bairong Shen, Haixu Tang, Xiaoqian Jiang
- The Art of Molecular Dynamics Simulation 2nd Edition by D. C. Rapaport
- Methods in Molecular Biology, Series Ed.: Walker, John M.
- Understanding Molecular Simulation: From Algorithms to Applications (2001), Daan Frenkel, Berend Smit
Ano de Catálogo: 2018
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